O objetivo desta auditoria foi avaliar se existem as condições normativas, institucionais e operacionais necessárias para que as 107 UCs federais e as 140 estaduais localizadas na Amazônia atinjam os objetivos para os quais foram criadas, identificando gargalos e oportunidades de melhoria, bem como boas práticas que aperfeiçoem a gestão dessas áreas. 

A auditoria realizou-se de maneira conjunta pelo TCU e nove Tribunais de Contas estaduais (do Acre, Amapá, Amazonas, Maranhão, Mato Grosso, Pará, Rondônia, Roraima e Tocantins).