El Tribunal de Cuentas de la Unión (TCU) realizó un estudio en el agronegocio brasileño, en especial en la agricultura familiar, que fue apreciado por el Plenario del TCU. Relatado por el ministro Vital do Rêgo, el trabajo forma parte de un análisis más amplio, una Fiscalización de Orientación Centralizada (FOC).  Esta FOC tiene por objetivo general identificar disfunciones en la burocracia que puedan generar impactos negativos en el ambiente de negocios y en la competitividad de los agentes productivos, en perjuicio del desarrollo nacional.

El énfasis en la agricultura familiar se justifica por que "representaba el 84% de los establecimientos rurales, con el 24,3% del área del agronegocio, el 60% del personal ocupado en el campo y respondía por el 70% de los alimentos en la mesa de los brasileños. Además, se calcula que la agricultura familiar en Brasil es la base de la economía del 90% de los municipios con hasta 20 mil habitantes ", explicó en su voto el ministro Vital do Rêgo, usando datos de 2006.

La Corte de Cuentas se inclinó sobre un conjunto de varios datos ligados al tema del agronegocio. Sin embargo, se analizaron más profundamente tres temas, que representan gran parte de la sostenibilidad de la agricultura familiar: asistencia técnica y extensión rural; financiación de la producción (crédito rural familiar); y comercialización de los productos. El trabajo tuvo como base reuniones presenciales con diversos órganos y entidades, y la aplicación de cuestionarios a las cooperativas y asociaciones de agricultura familiar. Se compararon los datos recogidos con la información registrada por anteriores fiscalizaciones del Tribunal. En base a lo que se ha comprobado, los auditores sintetizaron los principales riesgos y puntos de atención.

En cuanto a la asistencia técnica y la extensión rural, se ha comprobado que la coordinación funciona de manera precaria. La oferta es insuficiente y con baja continuidad. Por otra parte, la estructura asistencial es de calidad insuficiente y hay deficiencia en el sistema actual de llamadas públicas.

En el análisis del Sistema Nacional de Crédito Rural (SNCR), el equipo del Tribunal verificó la ausencia de política agrícola a largo plazo. El marco regulatorio es complejo y mal estructurado. Hay burocracia tanto en la concesión como en la operacionalización de crédito rural. Son diversas las dificultades enfrentadas por los productores rurales familiares para acceder al crédito rural, incluso la poca representatividad del seguro rural.

Sobre la comercialización de los productos de la agricultura familiar, el TCU apuntó haber contingencia de recursos en el Programa de Adquisición de Alimentos. Falta acceso a bases de datos de otros órganos federales a la Compañía Nacional de Abastecimiento (Conab) y a la Secretaría de Agricultura Familiar y del Desarrollo Agrario (Sead). Hay un considerable riesgo de no cumplimiento del porcentaje del 30% de adquisiciones de productos de la agricultura familiar en el marco del Programa Nacional de Alimentación Escolar (Pnae). Además de otros riesgos relacionados con la aplicación de la rastreabilidad a lo largo de la cadena productiva de productos vegetales frescos.

Para buscar soluciones a la situación, el Tribunal de Cuentas de la Unión recomendó a la Casa Civil de la Presidencia de la República que priorice la reglamentación de una ley ya aprobada sobre la fiscalización de productos alimenticios de origen animal producidos artesanalmente. También deben ser considerados los diferentes entendimientos del Ministerio de Agricultura, Pecuaria y Abastecimiento, así como los de la Secretaría de Agricultura Familiar y del Desarrollo Agrario sobre las atribuciones de inspección sanitaria y las inseguridades jurídicas y económicas que pueden derivarse de la inmediata aplicación en la nueva ley.