A los miembros del MPTCU se les aplican, subsidiariamente, en lo que sea posible, las disposiciones de la Ley orgánica del Ministerio Público de la Unión, pertinentes a los derechos, garantías, prerrogativas, prohibiciones, régimen disciplinar y forma de investidura en el cargo inicial de la carrera. Sin embargo, de acuerdo con el entendimiento del Supremo Tribunal Federal, “el ministerio público junto al TCU posee fisionomía institucional propia, que no se confunde con la del Ministerio Público común, sean los del Estado, sea el de la Unión”, MS 27.339, rel. Min Menezes Derecho, juicio en 2-2-2009, Plenario, DJE de 6-3-2009.).