O presente artigo se baseia em levantamento bibliográfico sobre temas relacionados à auditoria operacional (ANOp), tendo sido consultados manuais de instituições internacionais como o U.S. Government Accountability Office (GAO) e a International Organization of Supreme Audit Institutions (Intosai), além de normativos do TCU, livros e artigos. Busca analisar dificuldades de padronização e consolidação de informações em auditorias operacionais executadas por diversos grupos ou com dados provenientes de muitas fontes. É realizado estudo de caso da experiência do TCU em ANOp realizada em 2008 sobre o setor portuário brasileiro. São relatadas dificuldades enfrentadas pela equipe orientadora e é apresentada a solução encontrada. O instrumento de ANOp “Matriz de Padronização e Consolidação” (MPC) foi desenvolvido a partir dessa auditoria, tendo sido aplicado posteriormente em outros três trabalhos. A utilização do instrumento pode proporcionar benefícios sensíveis em fiscalizações dessa natureza, como uniformidade de coleta e registro de dados, suficiência de evidências, viabilidade de consolidação, redução do risco de auditoria e economia de tempo.