A auditoria, realizada no Ministério da Saúde, teve por objetivo avaliar a governança da pactuação intergovernamental no SUS, com foco nos componentes da institucionalização, da coordenação e coerência e da gestão de riscos e controle interno, segundo o Referencial de Avaliação de Governança em Políticas Públicas do Tribunal de Contas da União (TCU).