Em face de indícios de irregularidades observados na concessão de lotes do PNRA pelo Instituto de Colonização e Reforma Agrária (Incra), a Secretaria de Controle Externo da Agricultura e do Meio Ambiente (Secex Ambiental) do TCU entrou com medida cautelar no sentido de que o Tribunal determinasse a suspensão pelo Incra:
I.    dos processos de seleção de novos beneficiários para fins de reforma agrária; 
II.    do assentamento de novos beneficiários já selecionados; 
III.    dos processos de novos pagamentos e/ou perdão dos créditos da reforma agrária para os beneficiários com indícios de irregularidades;
IV.    do acesso a outros benefícios e políticas públicas concedidos em função do beneficiário fazer parte do PNRA, como o Garantia Safra, o Minha Casa Minha Vida – Habitação Rural, o Programa de Aquisição de Alimentos, o Bolsa Verde e o Programa de Assistência Técnica e Extensão Rural, nos casos com indícios de irregularidades.