A auditoria foi realizada sob a sistemática de Fiscalização de Orientação Centralizada (FOC) com o objetivo de verificar a gestão dos recursos transferidos pelo FNDE, nos exercícios de 2016 e 2017, para apoiar ações do PNAE por governos dos estados do Amapá, Amazonas, Bahia, Mato Grosso, Minas Gerais, Paraná, Pernambuco, Piauí, Rio Grande do Sul e Rondônia.

No decorrer da fiscalização, realizada no período de agosto a novembro/2017, foram utilizadas técnicas de entrevista, análise documental, observação direta e visita a 130 escolas nos dez estados participantes da FOC. Foi realizada, ainda, pesquisa eletrônica com utilização do software limesurvey, por meio do envio de questionários às escolas estaduais das unidades da federação onde ocorreu a fiscalização.